Er zijn verschillende medisch bevestigde gevallen van hartklepregurgitatie/afwijking gemeld bij patiënten die fluorochinolonen kregen, met een waarschijnlijk of mogelijk oorzakelijk verband. Een recente epidemiologische studie heeft aangetoond dat het risico op mitralisinsufficiëntie en aorta-regurgitatie verdubbeld is bij patiënten die systemische fluoroquinolonen gebruiken in vergelijking met patiënten die andere antibiotica (amoxicilline of azithromycine) gebruiken.

Bij patiënten met een risico op regurgitatie/hartklepafwijkingen mogen systemische en ingeademde fluorochinolonen alleen worden gebruikt na een grondige beoordeling van de voordelen/risico's en na overweging van andere behandelingsopties. Men moet de patiënten aanraden om onmiddellijk een arts te raadplegen in geval van acute dyspneu, het verschijnen van hartkloppingen of de ontwikkeling van een zwelling van de buik of de onderste ledematen.

Fluoroquinolonen worden gebruikt voor de behandeling van ernstige urine-, prostaat-, KNO-, bronchiale (vooral Pseudomonas aeruginosa in geval van mucoviscidose), osteoarticulaire en septikemie-infecties.

Vanwege mogelijk ernstige bijwerkingen beveelt het Comité voor Risicobeoordeling van Geneesmiddelenbewaking (PRAC) aan om deze niet meer te gebruiken bij milde infecties (keelontstekingen, profylaxe van reizigersdiarree, terugkerende infecties van de lagere urinewegen, etc.) en in andere situaties, wanneer er geen andere algemeen aanbevolen antibiotica geschikt zijn.

De belangrijkste bijwerkingen van fluoroquinolonen zijn maag- en darmstoornissen, huiduitslag, peesontsteking en soms peesbreuk. QT-intervalverlenging met risico op Torsades-de-Pointes is beschreven met sommige fluoroquinolonen (levofloxacine en moxifloxacine), en kan niet worden uitgesloten voor andere fluoroquinolonen.