Het niet behandelen van ernstige depressies tijdens de zwangerschap kan nadelige gevolgen hebben voor zowel de moeder als het kind. Abrupte stopzetting van de behandeling moet zeker worden vermeden. Niettemin kan, zoals bij elk geneesmiddel, een teratogeen effect bij geen enkel antidepressivum worden uitgesloten. De meeste gegevens met geruststellende resultaten betreffen de SSRI's fluoxetine, citalopram en sertraline en de tricyclische antidepressiva amitriptyline, clomipramine, imipramine en nortriptyline. Een licht verhoogd risico op hartafwijkingen kan niet worden uitgesloten met paroxetine of andere SSRI's.
In een recent onderzoek, gepubliceerd in JAMA internal medicine, onderzochten onderzoekers 145.702 zwangerschappen die waren blootgesteld aan antidepressiva en vergeleken die met meer dan 3 miljoen zwangerschappen die niet waren blootgesteld aan antidepressiva. In tegenstelling tot eerder werk hielden zij rekening met interpretatievertekeningen, met name door broers en zussen die tijdens de zwangerschap aan antidepressiva waren blootgesteld te vergelijken met degenen die er niet aan waren blootgesteld. Nadat deze vertekeningen waren verwijderd, toonden de resultaten geen verband tussen antidepressivagebruik en autismespectrumstoornis, spraak/taal, coördinatie of gedrag.