Au plan neurologique, l’agueusie et l’anosmie sont fréquentes. Mais une paralysie oculomotrice ou un syndrome de Guillain–Barré (paralysie par atteinte des nerfs périphériques) peuvent être observés, de même que des douleurs constrictives, erratiques et durables. La maladie peut se traduire, chez les patients âgés, par un syndrome confusionnel ou des troubles mnésiques. Des pseudo-engelures ont été signalées depuis le début de l’épidémie, surtout chez l’enfant et l’adulte jeune. Une dishydrose, des vésicules, une urticaire ou un exanthème sont plus rarement rapportés.

Un tableau évocateur de la maladie de Kawasaki (fortes douleurs abdominales puis choc cardiogénique) a été décrit plus tardivement, chez des enfants de 9 à 17 ans.

Enfin, diverses atteintes endocriniennes et métaboliques sont répertoriées : déficit de la production en testostérone, hypokaliémie, lymphopénie, thyroïdite subaiguë, hypocalcémie, hyperglycémie…