Le fait de ne pas traiter une dépression sévère pendant la grossesse peut avoir des effets néfastes chez la mère et chez l’enfant. L’interruption brutale du traitement doit certainement être évitée. Néanmoins, comme pour tout médicament, un effet tératogène ne peut être exclu avec aucun antidépresseur. La plupart des données aux résultats rassurants concernent les ISRS fluoxétine, citalopram et sertraline et les antidépresseurs tricycliques amitriptyline, clomipramine, imipramine et nortriptyline. Un risque légèrement accru de malformations cardiaques ne peut être exclu avec la paroxétine ou avec d'autres ISRS.

Dans un travail récent publié dans « JAMA internal medicine », les chercheurs ont passé au crible 145 702 grossesses exposées aux antidépresseurs et les ont comparées à plus de 3 millions de grossesses non exposées aux antidépresseurs. Contrairement aux travaux précédents, ils ont pris en compte les biais d’interprétation, notamment en comparant les frères et sœurs exposés aux antidépresseurs et ceux qui n’y ont pas été exposés durant la grossesse. Les résultats, une fois ces biais écartés, ne montrent pas d’association entre prise d’antidépresseurs et trouble du spectre autistique, de la parole ou du langage, de la coordination, ni du comportement.