Hoewel het meeste onderzoek zich heeft gericht op darmbacteriën, benadrukken nieuwe bevindingen dat darmschimmels ook een rol spelen in de rijping en het goed functioneren van de darm-hersenas en een aanzienlijk effect kunnen hebben op de darm op systemisch niveau. Studies die de afgelopen tien jaar zijn gepubliceerd, hebben aangetoond dat veranderingen in de darmschimmelgemeenschappen in verband worden gebracht met stofwisselingsstoornissen (zoals obesitas en diabetes) en neurologische aandoeningen (zoals de ziekte van Parkinson). In de context van stoornissen in de interactie tussen darm en hersenen is een verhoogde relatieve overvloed van de gist Candida albicans, die beschouwd wordt als een commensaal in de darm, waargenomen bij patiënten die lijden aan het prikkelbare darmsyndroom.

Het mogelijke mechanisme dat de rol van intestinaal mycobioom bij zou doorgaan via een stress-geïnduceerde activatie van mestcellen, met als gevolg het vrijkomen van histamine en tryptase, wat uiteindelijk leidt tot barrièredisfunctie en viscerale overgevoeligheid, de oorzaak van buikpijn. In het algemeen suggereren deze resultaten dat bepaalde specifieke schimmels een aanzienlijk effect kunnen hebben op de darm op systemisch niveau, evenals op de darm-hersenas. Hoewel het nog te vroeg is om te weten of verandering van het darmmycobioom een oorzaak of een gevolg is, wijzen deze resultaten op een verband tussen dysbiose van het darmmycobioom en de ontwikkeling van verschillende pathologieën.