Alors que la plupart des recherches se sont concentrées sur les bactéries intestinales, de nouvelles découvertes soulignent que les champignons intestinaux jouent également un rôle dans la maturation et le bon fonctionnement de l’axe intestin-cerveau et peuvent avoir un effet considérable sur l’intestin au niveau systémique. Des études publiées au cours des dix dernières années ont montré que les altérations des communautés de champignons intestinaux sont associées à des troubles métaboliques (par exemple, l’obésité et le diabète) et neurologiques (par exemple, la maladie de Parkinson). Dans le contexte des troubles de l’interaction intestin-cerveau, une abondance relative accrue de la levure Candida albicans, considérée comme un commensal de l’intestin, a été constatée chez les patients souffrant du syndrome de l’intestin irritable. Le mécanisme potentiel qui pourrait expliquer le rôle du mycobiome intestinal dans le SII passerait par l’activation des mastocytes sous l’effet du stress, avec une libération consécutive d’histamine et de tryptase, ce qui conduit in fine à un dysfonctionnement de la barrière et à une hypersensibilité viscérale, à l’origine de douleurs abdominales. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que certains champignons spécifiques peuvent avoir un effet considérable sur l’intestin au niveau systémique, ainsi que sur l’axe intestin-cerveau. Bien qu’il soit trop tôt pour savoir si l’altération du mycobiome intestinal est une cause ou une conséquence, ces résultats mettent en évidence un lien entre la dysbiose du mycobiome intestinal et le développement de différentes pathologies.